Klub KS Gniezno powstał w roku 1998 i rozpoczął rozgrywki w III lidze GTPNP jako zespół FIAT Pol Auto Gniezno. W sezonie 2000/2001 zespół pozyskał jako sponsora firmę Macioszek i występował pod jego nazwą. Rok później zespól miał już nowego sponsora i grał pod szyldem Czat Loos w II lidze reprezentując kawiarenkę internetową z osiedla Winiary. Już w sezonie 2002/2003 zespół pozyskał nowego sponsora jakim jest firma Lech Pol i pod jego szyldem osiągnął jak dotąd największe sukcesy. Prezesem klubu jest Marek Lisiecki. Sprawami organizacyjnymi zajmuje się związany od początku historii tego klubu Mariusz Przybysz. W sezonie 2005/06 w rozgrywkach GTPNP działała w klubie drużyna rezerw, która była zapleczem pierwszej drużyny. Z drużyny rezerw wybił się przebojem do pierwszego zespołu Michał Goździewski. Najbardziej znanymi zawodnikami z boisk trawiastych, którzy występowali w barwach Lech Polu byli Przemysław Urbaniak (Lech Poznań, Widzew Łódź), Waldemar Przysiuda (Lech Poznań), Paweł Iwanicki (Warta Poznań), Szymon Pawłowski (Zagłębie Lubin), Dariusz Piechowiak (Kania Gostyń). Grę tak znanych zawodników umożliwiła bardzo dobra współpraca pomiędzy Naszym klubem a miejscową drużyną piłkarską KS Mieszko Gniezno grającą na co dzień w III lidze gr. II. Drużyna bierze też udział w letnim turnieju Futsal Baltic Cup gdzie w 2007 roku zajęła wysokie 5 miejsce będąc jeszcze drużyną środowiskową. W pokonanym polu zostawili między innymi dużo wyżej notowaną Kanglidę Gorzów Wielkopolski. W 2008 roku KS Gniezno staną na najniższym stopniu podym tuż za takimi potentatami jak PA Nova Gliwice i Pogoń 04 Szczecin.

Po sezonie 2006/2007, w którym klub zdobył znaczące sukcesy w rozgrywkach środowiskowych, ze zdobyciem tytułu Vice Mistrza Wielkopolski włącznie, podjęto decyzję o zgłoszeniu Naszego klubu do rozgrywek ogólnopolskich. Zespół od tego momentu występował pod nazwą KS Gniezno. W przygotowaniach do tej ligi zespół wygrał II ligowe rozgrywki na sztucznej trawie we Wrześni bez straty punktu, oraz zajął II miejsce w I lidze powiatowej w Gnieźnie. Pierwszy sezon w rozgrywkach ogólnoipolskich okazał się niezwykle udany ponieważ jako bieniaminek III ligi zawodnicy z Pierwszej Stolicy Polski uzyskali awans do wyższej klasy rozgrywek. Królem Strzelców sezonu 2007/08 został zawodnik KS Gniezno - Michał Goździewski. Także w sezonie 2007/08 biało-czerwoni uzyskali najlepszy w swojej historii wynik w Gnieźnieńskich rozgrywkach środowiskowych zajmując ostatecznie II miejsce. W sezonie 2008/09 drużyna występowała jako beniaminek I ligi (nastąpiła zmiana nazewnictwa - poprzednio II liga). Przez wielu została uznana za "rewelację rozgywek" kończąc je na 4 miejscu. W Pucharze Polski KS Gniezno doszedł do ćwierćfianłu tych rozgrywek przegrywając w dwumeczu z Mistrzem Polski P.A. Nova Gliwice.