Klub KS Gniezno powstał w roku 1998 i rozpoczął rozgrywki w III lidze GTPNP jako zespół FIAT Pol Auto Gniezno. W sezonie 2000/2001 zespół pozyskał jako sponsora firmę Macioszek i występował pod jego nazwą. Rok później zespól miał już nowego sponsora i grał pod szyldem Czat Loos w II lidze reprezentując kawiarenkę internetową z osiedla Winiary. Już w sezonie 2002/2003 zespół pozyskał nowego sponsora jakim jest firma Lech Pol i pod jego szyldem osiągnął jak dotąd największe sukcesy. Prezesem klubu jest Marek Lisiecki. Sprawami organizacyjnymi zajmuje się związany od początku historii tego klubu Mariusz Przybysz. W sezonie 2005/06 w rozgrywkach GTPNP działała w klubie drużyna rezerw, która była zapleczem pierwszej drużyny. Z drużyny rezerw wybił się przebojem do pierwszego zespołu Michał Goździewski. Najbardziej znanymi zawodnikami z boisk trawiastych, którzy występowali w barwach Lech Polu byli Przemysław Urbaniak (Lech Poznań, Widzew Łódź), Waldemar Przysiuda (Lech Poznań), Paweł Iwanicki (Warta Poznań), Szymon Pawłowski (Zagłębie Lubin), Dariusz Piechowiak (Kania Gostyń). Grę tak znanych zawodników umożliwiła bardzo dobra współpraca pomiędzy Naszym klubem a miejscową drużyną piłkarską KS Mieszko Gniezno grającą na co dzień w III lidze gr. II. Drużyna bierze też udział w letnim turnieju Futsal Baltic Cup gdzie w 2007 roku zajęła wysokie 5 miejsce będąc jeszcze drużyną środowiskową. W pokonanym polu zostawili między innymi dużo wyżej notowaną Kanglidę Gorzów Wielkopolski. W 2008 roku KS Gniezno staną na najniższym stopniu podym tuż za takimi potentatami jak PA Nova Gliwice i Pogoń 04 Szczecin.

Po sezonie 2006/2007, w którym klub zdobył znaczące sukcesy w rozgrywkach środowiskowych, ze zdobyciem tytułu Vice Mistrza Wielkopolski włącznie, podjęto decyzję o zgłoszeniu Naszego klubu do rozgrywek ogólnopolskich. Zespół od tego momentu występował pod nazwą KS Gniezno. W przygotowaniach do tej ligi zespół wygrał II ligowe rozgrywki na sztucznej trawie we Wrześni bez straty punktu, oraz zajął II miejsce w I lidze powiatowej w Gnieźnie. Pierwszy sezon w rozgrywkach ogólnopolskich okazał się niezwykle udany ponieważ jako beniaminek III ligi zawodnicy z Pierwszej Stolicy Polski uzyskali awans do wyższej klasy rozgrywek. Królem Strzelców sezonu 2007/08 został zawodnik KS Gniezno - Michał Goździewski. Także w sezonie 2007/08 biało-czerwoni uzyskali najlepszy w swojej historii wynik w Gnieźnieńskich rozgrywkach środowiskowych zajmując ostatecznie II miejsce. W sezonie 2008/09 drużyna występowała jako beniaminek I ligi (nastąpiła zmiana nazewnictwa - poprzednio II liga). Przez wielu została uznana za "rewelację rozgrywek" kończąc je na 4 miejscu. W 20 meczach gnieźnianie zdobyli 43 punkty. Do sprawienia sensacji i awansu zabrakło gnieźnianom trzech punktów. W Pucharze Polski KS Gniezno doszedł do ćwierćfinału tych rozgrywek przegrywając w dwumeczu z Mistrzem Polski P.A. Nova Gliwice. Najskuteczniejszym zawodnikiem był Sebastian Śniegowski który w 16 meczach zdobył 20 bramek, tuż za nim uplasował się Mariusz Sawicki który w 19 spotkaniach zdobył 17 bramek. Ogólnie drużyna KS Gniezno zakończyła rozgrywki z bilansem bramkowym 99-49. Odniosła 13 zwycięstw, 5 porażek i 1 remis.

W sezonie 2009/10 drużyny walczyły nie tylko o awans, ale także o pozostanie w zreformowanej I lidze. Po tym sezonie nastąpiła reorganizacja polegająca na połączeniu dwóch grup w jedną ogólnopolską. Zagwarantowane miały to jedynie zespoły od miejsc 3-5. Dzięki temu rozgrywki były bardzo ciekawe a drużyna z pierwszej stolicy Polski potwierdziła, że należy do silnych zespołów zaplecza Ekstraklasy. Pomimo odejścia lidera drużyny Pawła Hoefta, biało-czerwoni ostatecznie zajęli 4 miejsce w rozgrywkach. Jednak tym razem strata do dającego szansę na awans 2 miejsca, wyniosła aż 15 punktów. Walka w I lidze spowodowała że Puchar Polski zszedł na dalszy plan i drużyna już w 1/16 została wyeliminowana w Zduńskiej Woli przez miejscową Gattę. W tym roku nastąpiła także pierwsza zmiana szkoleniowca. Roberta Zamiara zastąpił Jarosław Marchewka. Ostatecznie KS Gniezno w sezonie 2009/10 zanotowała 9 zwycięstw, 9 porażek i 3 remisy. Kończąc zmagania na 4 pozycji zdobyli 32 punkty w 22 meczach.

Sezon 2010/11 to pierwsze starcie drużyn po połączeniu obu grup I ligi. W nich KS Gniezno zajął 7 miejsce. Przed gnieźnianami uplasowało się aż 4 zespoły walczące wcześniej w grupie południowej. Ostatecznie rozgrywki wygrał Marwit Toruń, przed Tango Gaf Nova Gliwice i Gattą Zduńska Wola. Gnieźnianie w 24 meczach zdobyli 31 punktów. Tym razem gnieźnianie wygrali 9 spotkań, 11 razy schodzili pokonani i 4 razy dzielili się punktami. W Pucharze Polski po raz kolejny nie przeszli 1/16 tych rozgrywek. W Gnieźnie lepsi okazali się zawodnicy Marwitu Toruń pokonując zawodników z grodu Lecha 4:1. Na przełomie roku ze względów ekonomicznych miejsce szkoleniowca Jarosława Marchewki zajął Paweł Hoeft. W okresie przerwy świąteczno – noworocznej gnieźnianie zagrali w dwóch turniejach wypadając bardzo dobrze. Już pod wodzą Pawła Hoefta biało-czerwoni wygrali Galę Futsalu w Kiszkowie, a następnie bardzo dzielnie walczyli w silnie obsadzonym turnieju o Puchar Feraxu w Zduńskiej Woli. Ostatecznie po wygraniu swojej grupy, gnieźnianie przegrali po dogrywce z ekstra ligowym Kupczykiem Kraków, a także mecz o 3 miejsce z walczącą o mistrzostwo Polski Borutą Auto Mark Zgierz.