Pierwsza runda eliminacji do finałów Mistrzostw Polski U-20 została odwołana ze względu na wycofanie się znacznej ilości zespołów. Postanowiono więc rozegrać od razu drugą fazę. Młodzi zawodnicy KS Gniezno trafili do grupy D, która zostanie rozegrana w Szczecinie. Rywalami gnieźnian będą: Pogoń 04 Szczecin, TPH Polkowice i Tacho Toruń. Zarząd PZPN ds. futsalu postanowił także powiększyć liczbe zespołów w turnieju finałowym z ośmiu do szesnastu ekip.

Grupa A - Białystok:
1. Elhurt-Elmet Helios Białystok
2. Hurtap Łęczyca
3. Unisław Team Unisław
4. KS Marwit Toruń

Grupa B - Legnica:
1. UKS Medan Gniezno
2. Junior 5 Legnica
3. AZS WSEZ Grembach Zgierz
4. AZS UP Wrocław

Grupa C - Knurów:
1. UPOS Komart Knurów
2. Tango Gliwice
3. Marioss Gazownik Wawelno
4. Clearex Chorzów
5. Rodakowski Politrade Tychy

Grupa D - Szczecin:
1. Pogoń 04 Szczecin
2. KS Gniezno
3. TPH Polkowice
4. Tacho Toruń

Grupa E - Kraków:
1. Kupczyk Darkomp Kraków
2. UKS Sprinter Kłaj
3. Sarmacja Będzin
4. UKS Futsal Nowiny
5. AZS UŚ Katowice

Grupa F - Kraków:
1. MKF 99 Grajów
2. FC Nova Katowice
3. KS Góral Winna Góra Przemyśl
4. UKS II LO Chrzanów
5. Gol Sport Przyszowice

Grupa G - Bielsko-Biała:
1. Rekord Bielsko-Biała
2. Selton Sosnowiec
3. Remedium Pyskowice
4. GKS Jachym Tychy

Awans do turnieju finałowego rozgrywanego w dniach 5-6 grudnia 2009 roku w Pniewach uzyskają po dwa najlepsze zespoły z każdej grupy. Tym samym w finałach weźmie udział szesnaście, a nie osiem zespołów. Zapewniony udział mają gospodarze - Akademia Futsal Club Pniewy oraz ubiegłoroczni mistrzowie - Gwiazda Ruda Śląska.